《特战先锋》的故事发生在抗日战争时期。由于军统谍报网络屡遭日特破坏，戴笠（王岗饰）从集中营中选出因故入狱的少校陈一鸣（庹宗华饰），命他组建“眼镜蛇”特工小组，刺杀日特驻华头目中村一郎（于震饰）。接受任务后，陈一鸣立即招募各路高手，并对他们展开训练。
与此同时，美军上校梅乐斯找到戴笠，请求他设法营救被中村一郎抓捕的美国特工史密斯夫妇。中共高级特工黄天明（侯勇饰）收到南京的黄云睛（吴晓敏饰）送来的情报后，遵照上级指示，将史密斯夫妇的藏身地点故意透露给军统南京站高站长。陈一鸣随即率领特工小组出发，化装潜入医院，成功救出史密斯夫妇。完成营救后，他们还要执行此行最重要的任务——刺杀中村一郎。这支临时组建的特工小组能否顺利完成任务，成为行动最大的悬念。
