《杜鹃的女儿》讲述了发生在20世纪80年代的一个家庭故事。结婚多年却一直没有孩子的孙宝军（郭凯敏饰）和赵秀如（宋佳饰），决定到福利院收养孩子。小姐妹一宁和一帆来到孙家后，给夫妻二人带来了盼望已久的欢乐与慰藉。
没想到，两个养女进门不久，赵秀如竟意外怀孕。十月怀胎后，她顺利生下了可爱的女儿妞妞，原本幸福的五口之家迎来了新的喜悦。然而，这份幸福并未持续太久，养女与亲生女儿之间的矛盾逐渐显现。一次看似意外的事件过后，妞妞从这个家中消失了。
多年过去，一宁和一帆已经长大成人，可当年导致妹妹走失的“原罪”始终令她们自责不安。赵秀如对两个养女也始终怀着复杂的爱与怨。直到有一天，名叫晓梦的小保姆走进孙家，而她的真实身份，竟正是当年失踪的妞妞……
