《皇城根儿》讲述了老中医金一趟的故事。金一趟由葛存壮饰演，医术精湛，凭借祖传秘方“再造金丹”能够医治各种疑难杂症，而这份秘方始终只有他一人知晓。他有两个女儿，分别是金秀和金枝，金秀由宋佳饰演，金枝由许晴饰演。金秀嫁给张全义后迟迟未能怀孕，令金一趟十分焦急。一次偶然的机会，金一趟收留了一名弃婴，并给他取名金兴。经历一连串意外与波折后，金秀成了金兴的养母。与此同时，金枝结识了经营公司的徐伯贤。徐伯贤由马红鹰饰演，他一心想得到“再造金丹”的配方，将其批量生产并从中牟取巨额利益。随着这味秘方的出现，众人逐渐被卷入复杂的阴谋与感情纠葛之中。
