万里追踪讲述了平罗县缉毒大队队长秦长岭与大毒枭马洪武斗智斗勇的故事。秦长岭抓获毒贩“小棒子”后，得知马洪武的藏身之处，经过多番追查，终于将其缉拿归案。为了逃脱法律制裁，马洪武不惜自残，制造保外就医的机会，并指使手下绑架秦长岭的女儿，趁乱成功逃走。
秦长岭发誓要将马洪武重新抓捕归案，却遭到马洪武栽赃陷害，反被当作犯罪嫌疑人逮捕。为洗清自己的罪名，他设法从公安局逃脱，沿着蛛丝马迹独自踏上追捕马洪武的漫漫征途。一路上，他不仅遭遇劫匪，还要躲避警方通缉，历经重重艰险后，终于再次将马洪武抓获。
秦长岭的罪名得以洗清，但在押解马洪武返回途中，两人再次遭遇毒贩。秦长岭意外带着马洪武驾车闯入疫区，险些感染重病，随后被一同隔离。此时，马洪武的手下企图将其救走，公安干警在紧急关头与秦长岭配合，最终成功将马洪武押回。然而，马洪武始终拒绝交代毒品的藏匿地点。为了找出毒品并抓获幕后大买家，秦长岭故意放走马洪武，待其与买家接头交易时，带领公安干警将两人一举抓获。
