水网行动将故事置于风光秀美的金湖。这里芦苇无边，水上居民过着漂泊的生活，也因此成了许多被缉捕罪犯藏匿的理想之地。价值几十万元的徽5号船及其主人柴新明父子突然失踪，居住在湖边的渔民水生的儿子狗蛋又离奇中毒身亡，一连串案件让原本神秘的金湖笼罩上令人不安的阴影。
鲁正涛和杨进带领干警南下安徽，深入金湖展开走访调查。随着线索逐步汇集，他们的视线渐渐锁定在金湖水运公司和旅游公司。调查过程中，鲁正涛见到了女老板芦花，却意外发现她竟是自己在省城警校求学期间救过的自杀女孩。两人之间特殊的救命之恩和过往交往，也使这场调查变得更加复杂。
