终极使命2016讲述了北伐时期的故事。陈立夫、陈果夫兄弟秘密成立中央俱乐部，并为掌握党内外的动态情报，于1927年初在浙江设立特别训练班。爱国青年林天正、许松、沈文杰、顾一男等人被秘密招募，在艰苦训练中逐渐建立起深厚友谊，也给身为共产党员的教官高寒留下了深刻印象。
在高寒的带领下，林天正等人接到入训以来的首个任务，却意外卷入一场阴谋。特训班最高指挥官钱新之随后向他们下达追杀令。四一二事件爆发后，林天正等人认清了国民党的虚伪面目，主动协助高寒营救被国民党关押的共产党学员，并最终揭穿钱新之的丑恶真面目。
九一八事变后，日本的恶劣行径遭到以国际联盟为代表的国际社会普遍反对。为转移国际视线，日本决定在上海制造事端。在高寒和另一名共产党员姚珂的帮助下，林天正等人踏上了抗日救国的道路。
