《神枪手2009》的故事发生在1946年3月17日。军统头目戴笠因飞机失事身亡后，一份绝密计划随之曝光：他曾雇佣日本刺客前往重庆，刺杀出身袍哥大豪、后来成为国民党元老的徐德庸。消息一经传出，立即引发轩然大波。
刺客已经启程，却无人知晓他的真实身份。军统一方面极力否认此事，试图掩盖真相；另一方面又调集精兵强将追查杀手。情势危急之下，他们重新启用了军统第一高手林家山。
与此同时，共产党方面也不愿坐视蒋介石借此杀一儆百，破坏全国人民对和平建国的热情与支持，于是派出安全专家老丁，以及行事不拘一格的神枪手警卫员彭克虎，从延安赶往重庆保护徐德庸。彭克虎不得不再次踏上这片承载着挥之不去记忆的土地，而这个看似普通的警卫员，也就此被卷入一场惊天阴谋之中。
