《烽火少年2004》的故事发生在1942年抗日战争时期的某抗日根据地。日军井田率部袭击村庄后，团长派八路军叶排长和女战士何静，护送齐晓东、妞妞等六个孩子前往后方，并与大部队会合。另一处叙述中，这支队伍由齐晓东等七个孩子组成，他们有的是烈士遗孤，有的是因父母投身革命、无暇照料而被托付给队伍的孩子。
撤退途中，孩子们一边寻找大部队，一边凭借智慧和勇气与日本鬼子及汉奸周旋。村民为了掩护他们，被井田残忍杀害。危急关头，叶排长主动引开井田等日军，让何静带着孩子们脱身，但齐晓东不幸落入井田手中。随后，叶排长与王大叔设法救出了齐晓东。
然而，齐晓东获救后，这支特殊的小队伍却产生了分歧。齐晓东和毛猴不愿前往后方，商量着直接去寻找大部队。
