《特别任务》讲述了刑侦总队副队长李文海调查银行信贷主管秦晖醉驾案的故事。受上级指示，李文海前往南江市展开调查，却发现线索逐渐指向刑侦队长郑大为。面对兄弟情义与追查真相之间的冲突，他仍决定继续深入调查。
随着调查推进，李文海发现郑大为、秦晖与不久前在天海集团自杀的张主管之间存在秘密关联。在刘洵提供的线索帮助下，他进一步查出天海集团隐藏的诸多问题，并将相关情况全部上报。然而，上级随后查明，无论是针对郑大为的证据，还是涉及天海集团的材料，都无法成立。此时李文海才意识到，自己已经落入了一场精心设计的圈套。于是，他反过来利用齐剑阳安插在身边的刘洵，最终揭开了齐剑阳为多年以前去世的哥哥复仇的秘密。
