《父亲的身份》讲述了1948年发生在青城的一段故事。特别调查局要员俞北平（陈建斌饰）奉上级命令前往青城，调查当地发生的一起命案。然而，他并不知道，自己的真实身份也正受到上级的调查与怀疑，始终处在危机之中。
来到青城后，俞北平结识了美军中尉林莎（齐溪饰），却意外发现她竟是自己失散多年的女儿。与此同时，他的小女儿徐丹妮（朱颜曼滋饰）正在青城求学，并深陷与已婚大学教授的不伦恋情。由于俞北平特殊的身份，父女之间的关系也逐渐陷入僵局。
面对上级交代的任务，俞北平不仅要与狡猾阴险的敌人周旋，还要承受至亲的不理解与误会，在重重压力下艰难求生。
