《灵魂摆渡》讲述了一个关于阴阳两界的故事。人的肉眼有诸多局限，能看见的未必就是确实存在的一切。外表平凡、毫不起眼的夏冬青（刘智扬 饰），自幼在孤儿院长大，大学毕业后准备考研，也一直在四处寻找工作。鲜为人知的是，他拥有看见另一个世界众生的能力。
后来，冬青被444号便利店录用。传闻午夜12点以后，这家便利店便会闹鬼，实际上，它正是连接两个不同纬度空间的节点。冥界公务员赵吏（于毅 饰）负责管理这里，并自称“灵魂摆渡人”，日复一日迎接来往的鬼魂，引导他们前往各自应去的世界。冬青与性格直率的女孩王小亚（肖茵 饰）也因此卷入一桩桩灵异事件，成为阴阳两界诸多故事的见证者。
