《台湾首任巡抚刘铭传》以刘铭传抗法保台、筹划台湾建省和推动当地开发建设等历史事件为主线，展现了台湾在那段历史时期的风云变幻，也表现出海峡两岸人民对民族团结和祖国统一的呼唤。
战报传入京城后，朝廷震怒，清议沸腾，主战与主和两派争执不休。面对危急局势，刚刚掌握朝廷实权的慈禧决意与法军开战，随即下令召回归隐已久的淮军大将刘铭传。刘铭传临危受命，以巡抚身份督办台湾军务，肩负起抗法保台的重任。
经过几番周折，刘铭传终于取得朝廷信任，得以启程赴任。为了打击清政府并在谈判桌上争取优势，法军设法准备截杀刘铭传。得知消息后，刘铭传以谈判副使的身份来到上海，并故意频繁出入青楼妓院，以此迷惑法国人。在一番巧妙周旋之后，他终于争取到机会，行程即将成行。
