神捕十三娘的故事发生在明朝万历、天启年间。那时倭寇肆虐，宦官专权，百姓深陷水火之中。名捕之女十三娘凭借花容月貌、忠肝义胆和精湛的追踪缉捕之术，率领一众人马追捕巨盗、惩治奸恶、侦破疑案、平反冤狱，接连揭开一桩桩扑朔迷离的惊天大案，谱写出一段段可歌可泣的人间传奇。她手中的长鞭矫若游龙，令罪犯闻风丧胆。
与十三娘并肩查案的，还有名震天下的绝世盗王王大友。他看似疏懒无赖，实则古道热肠，拥有出神入化的轻功和能够改头换面的易容术。名医之后宋君瑜美艳娇弱、兰心蕙质，承继家学，医术高超。督察院第一神捕狄无邪则心热如火、外冷如冰，一柄扇剑独步天下，常在危急关头挺身而出、力挽狂澜。
一尊价值连城、从日本流入的玉佛掌，牵扯出一桩震动朝野的谋杀案。受海盗指使的杀手封百川，计划在朝廷祭天大典上刺杀名将李元帅。面对这场迫在眉睫的危机，十三娘与狄无邪、王大友以及神医之女宋君瑜携手追查，竭力阻止刺杀阴谋。
在一个偏远小县，穷秀才竟冒充知县多年，只因当地天高皇帝远。奇案发生后，耳背之人听见了死者的尖叫，夜盲之人看见有人翻墙逃走，跛子却成功躲过捕快追捕。十三娘等人为查明真相深陷囹圄，而最终出手救助他们的，竟是另有其人。
朝廷内部忠奸相争，兵部尚书企图勾结倭寇，残害忠良，所布下的阴谋几乎天衣无缝。兵部尚书萧大亨、司礼监王公公、左督御史温纯和兵部左侍郎朱纫之间，究竟谁忠谁奸？为查清真相，狄无邪不惜欺骗十三娘，毅然背负骂名，展开了一场惊心动魄的卧底行动。
与此同时，一段延续多年的杀父之仇，铺开了一条漫长而残酷的复仇之路。连环杀戮接连发生，弱女子叶子卿向黑暗势力发起反击。十三娘层层剖
