黑色名单将故事置于黎明前的上海。随着社会各界知名人士纷纷响应中共的民主主张，要求结束蒋家王朝的专制统治，国民党统治日渐动摇。困兽犹斗的国防部保密局奉躲在溪口老家幕后指挥的蒋介石之命，秘密炮制出一份黑色名单，准备对那些无法公开清除的社会名人实施暗杀。
军统昆明站干将黄龙杰奉调组建代号闪电的特别行动小组，策划一连串瞒天过海的刺杀行动。他以药业公司代表的身份，带着妻子和部下分批抵达上海，向上海站站长韩天石报到，并随即展开行动。
上海地下党组织很快察觉到这股异常动向，决定成立曙光行动小组，负责保护名单上的目标。表面上八面玲珑、纵横商界的中洋贸易公司单身女经理郭家月，实际上是一名地下党员，并由她牵头执行保护任务；以年画作坊为掩护的情报站主任王怀志，则担任小组联络人。
曙光小组首次行动便重创闪电，成功全歼黄龙杰从昆明带来的三名得力干将，也因此引起了黄龙杰的警觉。然而他并不知道，自己与郭家月之间还牵连着一层特殊关系——他的妻子沈惠芸，正是郭家月的大学好友。
围绕保护与清除两条路线，黄龙杰和郭家月展开了步步紧逼的较量。与此同时，周海亮、杨帆、肖风、田雨等双方属下也各自施展手段，错综复杂的人物关系不断浮出水面，使这场暗中交锋愈发惊险。
