《少年黄飞鸿》中，黄飞鸿（释小龙 饰）自幼聪慧正直，常常为了对抗恶势力而弄得伤痕累累。不过，年纪尚小的他也难免调皮闯祸，每当惹出麻烦，母亲吴娴总会想办法替他解围，母子之间更像亲密的朋友。相比之下，父亲黄麒英（何中华 饰）性格严肃古板，对儿子的管教也格外严格。
一天，黄麒英十三表叔的女儿十三姨（郝蕾 饰）从英国归来，暂住在黄麒英家中。接受过西方教育的她热情开朗、思想新潮，很快便融入黄家，只有黄麒英始终无法认同她过于新派的处事方式。没想到，一场突如其来的大火夺走了吴娴的生命，黄家也因此遭受沉重打击。妻子去世不久，黄麒英又被卷入一宗杀人案，成为众人怀疑的凶手。为了救出父亲，并查清母亲遇害的真相，黄飞鸿与十三姨不得不共同展开调查。
