《鳄鱼与牙签鸟》讲述了小镇姑娘李南恩的成长与追梦故事。她从小热爱中国传统文化，大学毕业后远赴法国，进入波尔多大学学习建筑学，并阴差阳错地加入了“高级动物研究社”。研究社正致力于研发具有跨时代意义的生态建筑系统“空中花园”，而灵魂人物周尔文则是一位高冷的学霸，专注于探索生态环保与建筑设计的融合。
初次相处时，李南恩和周尔文彼此看不顺眼，在对方眼中分别像冷血的鳄鱼和恼人的鸟，逐渐成为一对欢喜冤家。周尔文不仅质疑南恩的能力，也不认可她所推崇的中国传统建筑理念，每当两人发生争执，高木总会在一旁充当和事佬。随着相处加深和不断磨合，他们逐渐发现，双方的理论能够彼此融合，并为“空中花园”的研发带来极大帮助。
毕业后，研究社成员回国创业。面对接踵而来的困难与阻碍，他们没有退缩，而是将所学理论与国内实际环境相结合，因地制宜地探索发展道路。最终，他们取得了巨大成功，带着中国梦将中国文化孕育出的成果推向海外，颠覆了全球建筑行业。
