沉默的证人2004讲述了一起偶发凶杀案牵出的惊人真相：一宗持续数年、作案手法独特的连环杀人案浮出水面，整个云港市顿时陷入人人自危的恐慌之中。老刑警刘宝生（杜源 饰）主动请缨负责调查，并与警员周马（林熙越 饰）一同求助犯罪心理学家陈俊威（王志飞 饰），试图从心理层面勾勒出凶手的特征。随着调查深入，他们将怀疑锁定在因家族利益纷争而心理扭曲的石隐（祖峰 饰）身上。审讯过程中，石隐前后矛盾的供述让刘宝生产生疑心，然而没过多久，石隐便在监号中自杀，案件也随之陷入僵局。刘宝生于是施展瞒天过海之计，独自外出展开调查，并很快掌握了指向真正嫌疑人的证据——为案件提供心理分析的陈俊威。面对指控，陈俊威坦然承认了最后一次作案，却否认数年前发生的一系列谋杀。周马决定以其人之道还治其人之身，运用陈俊威曾传授的方法对他展开心理攻势，真相也在这场较量中逐渐逼近。
