《武当一剑》讲述了明朝末年一段尘封多年的武林谜案。武当派数位高手接连遇害，真凶始终未能查明。多年后，昔日遗孤、武当俗家弟子耿玉京已成长为风度翩翩的少年，并在与前来比武的东方亮交手时不打不相识，二人逐渐结为无话不谈的挚友。
然而风云突变，泰昌帝服用武当红丸后突然暴毙，新任武当掌门也开始对耿玉京步步紧逼。迫于无奈，耿玉京离开武当山，在独行大盗郑铁岗及其孙女郑巧儿的帮助下，暗中追查父母当年遇害的真相。追查途中，他先后结识了少林僧人慧可、断魂谷谷主卢象升、昆仑西门燕等武林人士，并与辽东的努尔哈赤结下忘年之交。
随着调查深入，隐藏多年的真相渐渐浮出水面。耿玉京最终发现，努尔哈赤怀有鲸吞中原的野心，而自己的父母正是因此惨遭杀害。背负国仇家恨的耿玉京与东方亮等人重返武当，尘封多年的谜案终于得以揭开，潜伏其中的内奸也受到了应有的惩罚。
