1894年，日本发动侵略中国的甲午战争，清政府被迫签订《马关条约》，台湾也因此被日本以武力强行占领，开始了长达五十年的殖民统治。从日本侵占台湾起，海峡两岸同胞便为反抗殖民压迫展开了不屈不挠的斗争，直至1945年台湾光复。《海峡往事》谨以此缅怀那些为民族解放付出艰辛努力、作出巨大牺牲的先烈。
1915年，泉州少林寺武僧陈宗汉奉命前往台湾传递秘密指令，并组织起义，但行动再次失败。遭到日本警察追杀后，他被迫下山进城寻找藏身之处。此时，台湾关渡宫妈祖庙董事林崇德正在主持妈祖诞辰庆典，警察局长山田却借口搜捕叛军，命令警察闯入关渡宫，枪杀林崇德和前来进香的妈祖信众，抢走镇庙之宝“天上圣母”妈祖金像。
台湾总督随后命令山田将妈祖金身护送回日本，献给日本天皇。途中，陈宗汉率人截击山田，成功夺回妈祖金身。陈宗汉牺牲前，将妈祖金身和幼儿信义托付给台湾同春堂老板林文轩，随后壮烈牺牲。日警为了斩草除根，逼迫林文轩交出宗汉的儿子陈守信。为保护妈祖金身，林文轩让自己的亲生儿子林正青冒充杨宗汉之子交给山田，因此遭到妻子月娥和陈宗汉妻子秀芝的误解与仇恨。
月娥离家出走后，被师兄季旺乡救回；秀芝则在遭山田追杀并受伤后，返回福建泉州。山田对外宣称已经杀死陈宗汉的儿子，实际上却将孩子秘密收养，取名为雄一。由于护送妈祖金身失职，山田被贬回日本。
1937年，日本发动全面侵华战争，台湾的日本当局宣布进入临战体制。山田让已经长大成人的雄一回到台湾担任警察，参加日本推行的“皇民化”运动；自己则以日本大和会社的公开身份，在台港城四处寻找妈祖金身的下落，发誓夺回这件圣物，以洗刷二十年前的耻辱。
在台湾，
