《黑枪》被誉为中国第一部西部历险片。出生于土匪世家的马也，人称“马爷”，为人狡猾凶残，并与国外犯罪集团勾结，在可可西里大肆盗猎藏羚羊。由此，一个通过盗猎、加工和销售藏羚羊披肩牟取暴利的国际犯罪团伙逐渐形成。
为打击日益猖獗的盗猎活动、保护可可西里的自然资源，青海省治多县成立了西部工作委员会。县委副书记索南达杰担任第一任书记后，多次冒着生命危险，十余次带领公安、武警与凶残的盗猎团伙正面交火，先后查获8个盗猎团伙，收缴大批枪支等盗猎工具以及两千多张藏羚羊皮。盗猎者因此对他恨之入骨，将他视为眼中钉、肉中刺。
随后，由马爷等18人组成的武装盗猎团伙秘密潜入可可西里，企图对藏羚羊展开大规模捕杀。索南达杰获悉消息后，立即带领公安、武警赶往藏羚羊出没的区域设伏。激烈枪战中，一颗子弹击中他的头部，索南达杰不幸牺牲。为遏制愈演愈烈的盗猎活动，西部工委随后组建反盗猎公安队伍。在索南达杰事迹的感召下，留学归国的赵栋、林采等人也加入其中。从此，反盗猎者与盗猎团伙之间的殊死较量继续展开，正义与邪恶、爱情与阴谋在可可西里展开激烈交锋。
