《渗透》的故事发生在1945年的陪都重庆。国民党特训班学生许忠义（沙溢饰）因留级被派往沈阳，加入当地军统组织，执行打入中共部队的卧底任务。军统沈阳站特务头子陈明（赵纯阳饰）对许忠义突然返回东北心存疑虑，许忠义则设下巧局，成功消除了陈明的猜忌。
由于当年是被迫加入军统，许忠义在与共产党接触的过程中，逐渐受到仁义精神的感召，最终向我党自首。经过严格考查，党组织决定让他继续潜伏敌营，为我党开展工作。此后，许忠义利用敌人接连战败、厌战情绪蔓延的时机，在内部进行分化瓦解，并为我军提供了大量急需的军用物资。
这时，许忠义昔日在军统的对手齐公子（曹炳琨饰）来到沈阳，并带来了上峰制定的“渗透”行动方案。面对即将到来的危机，许忠义深知一场风暴正在逼近。
