《神鞭2001》的故事发生在1898年的天津。戊戌变法失败后，谭嗣同的师妹展嘉蓉与杨殿起用炸弹炸死了一名朝廷高官，天津豆腐王的儿子傻二因身怀辫子功绝技，被当成炸弹案的替罪羊抓进牢房。出狱后，傻二又得罪了地痞玻璃花。玻璃花于是纠集一众武林高手向他发起挑战，傻二一路获胜，声名大噪，还被众人奉为神鞭。后来，在大家的帮助和怂恿下，傻二开设武馆传授功夫，并随着义和团运动兴起，成为众人推举的领袖。然而，面对八国联军的枪炮，他终于意识到辫子功根本无力抵抗。醒悟之后，傻二决定让儿子读书而不是习武，自己则投身革命军，苦练枪法，最终成为神枪手，重新找回了人生方向。
