《清宫秘档》以紫禁城及其西侧的中国第一历史档案馆为切入点，带领观众走近这座鲜为人知的历史宝库。紫禁城因恢弘的宫殿建筑和丰富绚丽的文物珍藏闻名于世，而中国第一历史档案馆则保存着明、清两朝一千余万件珍贵档案，其中包括皇帝传位的绝密遗诏、王公大臣办理政务时呈上的秘密奏章、全长近千米的刑科题本、历次科举考试的金榜，以及记录二十多万皇室成员血统的皇族族谱。
从国家大政到宫闱秘事，许多历史事件都能在这些原始档案中找到蛛丝马迹。档案以真实、系统的特点，被誉为东方瑰宝；每一件文献都承载着一段久远的历史，也讲述着一个鲜活的故事。全片内容包括“东方瑰宝”、一个想当和尚的皇帝、太后下嫁之谜、康熙与西学、康熙统一台湾、雍正篡位与继位学说（上、下）、雍正务实求真、雍正与炼丹、曹雪芹家世的兴衰、乾隆身世之谜、乾隆下江南、英使马戛尔尼访华、权臣和珅（上、下）、天花与清宫、奕諪奕訢的皇位之争、皇帝的一天（上、下）、慈禧生何处、慈禧西逃、光绪之死、太监的命运、李连英其人其事、秀女与后妃、金榜题名、八旗子弟以及土尔扈特回归等篇章。
