《谁怜天下慈母心》讲述了金花半生坎坷、始终守护两个女儿的故事。
六岁的小海燕和父亲大勇、母亲金花生活在海边小镇。在海燕心里，父亲是世上最好的人，可她并不知道，大勇曾经结过婚，还有一个女儿海君。为了照顾患白血病的前妻和女儿，大勇一直瞒着金花，暗中偷拿工厂货物变卖筹钱。金花得知真相后大怒，夫妻二人大吵一场。为了挣到钱填补亏空，大勇跟随远洋货船出海，却从此与家人失去联系。
大勇出海后，他的前妻病情恶化。金花虽然面硬心软，仍赶到医院照料她。临终前，前妻将海君托付给金花，请求她好好照顾女儿，金花含泪答应。她把海君带回家，让海燕认下这个姐姐，独自抚养两个孩子，等待大勇归来。然而等来的却是海船失去联络、大勇下落不明的噩耗。
几年过去，海燕和海君都长成了十一二岁的中学生。姐妹俩能歌善舞，是学校里备受瞩目的女孩。金花却每天推车卖鱼丸，辛苦操持家务。由于年幼时的记忆模糊，海燕认定是母亲逼走了父亲，因此处处和金花作对；海君则一直体谅母亲，主动帮她分担生活的重担。
海燕的同班同学阿郎顽劣不羁，经常捉弄她，但他的身世同样不幸。阿郎的父亲性情暴烈，逼他帮忙偷窃，只要稍有反抗便拳脚相加。生活凄惶的阿郎把海燕当成心中的美梦，而海燕也被他的桀骜不驯吸引，两人渐渐成为朋友。
老师告诉金花，海燕成绩不好，还有早恋的倾向。金花又惊又怒，在误以为海燕偷了东西后，一气之下剪掉她的长发，并把她锁在家中。海燕从家里逃走，准备去找阿郎，却意外目睹阿郎的父亲盗窃被发现，阿郎父子双双被捕。
七年后，海君考入省城的音乐学院，海燕虽然成绩不佳、没能考上大学，却凭借舞蹈天赋成为本地歌舞团的台柱。此时，消失多年的阿郎重新出现在海燕面前。他外表英俊、出手阔绰，已经成为年轻有为的成功人士。阿郎主动追求海燕，两人的感情迅速升温。金花看出阿郎并不简单，劝海燕不要与他过于亲密，海燕却始终不肯听从。
事实上，表面风光的阿郎一直在替父亲龙老大从事拐卖人口的
