《武当2003》以元末群雄并起、天下大乱为背景。武当山为长春真人邱处机百岁举行祈福大典，皇觉寺和尚朱元璋、义军首领郭子兴的养女马芝兰、富家女沈蓉也来到武当，并与邱处机的俗家弟子张君宝结为好友。多年在大漠苦练武功的赤必烈，带着火郎、雪鹰前来挑战邱处机，双方交手后邱处机身受重伤、生死未卜，张君宝也被擒走。
朱元璋投身郭子兴麾下，却遭奸人陷害，沦为乞丐，甚至一度想跳崖自尽，幸被逃脱的张君宝救下，才重新振作。与朱元璋相恋的沈蓉因怀有身孕前来寻找他，却发现朱元璋为了兵权已与马芝兰成婚。她因此动了胎气，最终难产而死，令张君宝悲愤不已。后来，赤必烈得知邱处机尚在人世，再次前往武当山决战，双方最终两败俱伤。临死前，邱处机将八字秘诀留给张君宝。张君宝悟透秘诀，创出太极拳，并改名张三丰。
朱元璋称帝后大开杀戒，连张三丰也不肯放过。张三丰愤而斩杀十八龙骑，直闯御前意图杀死朱元璋，马皇后及时赶来求情。最终，张三丰无奈放过朱元璋，归隐武当，从此不再过问江湖之事。
