和平卫士的故事发生在1949年冬天。蒋介石和毛人凤企图盘踞大西南，继续与新生的人民共和国对抗。在重庆制造震惊中外的渣滓洞、白公馆大屠杀后，他们秘密转赴成都，向聚集在当地的上万名军统及其他特务下达密裁、破坏、潜伏、游击四项任务。
此时，年轻的人民公安队伍刚刚组建，随解放大军进入成都。这座全国最后解放的大城市，立即成为敌我斗争的前沿。公安战士们不仅要追剿残匪、肃清敌特，还要保护人民的生命财产，守卫新生的红色政权。制造成都十二桥大屠杀的主凶罗宗鼎逃往川西藏区；双手沾满人民鲜血的刽子手莫文彪改头换面，伪装成川北山乡的一名贫农；经验老到的军统电讯特务侯君牧更名潜伏在成都城内；老谋深算的伪省会警察局代局长范国璋，则以起义人员身份参加军管会公安处组织的自首登记人员政训班。
公安处领导赵大潼、张敬，擅长北方城市敌工工作的王锐，来自部队的侦察英雄朱铁柱，以及从地下党转入公安队伍的原伪保安司令部参谋岑潇然、记者江梦霞，分别来自不同战线，拥有不同的经历和工作方式。面对敌特的暴动、破坏、暗杀与反水，他们在一次次生离死别和血火考验中，也承受着亲人、恋人乃至自身遭受的委屈、误解与处分。
岑潇然的挚友、江梦霞的未婚夫、原川康地下党军事组负责人黎剑之，突然成为罗宗鼎反共游击纵队的参谋长。按照组织要求，江梦霞不得不与他划清界线，而川西藏区格桑大头人的妹妹央金却狂热地爱上了黎剑之。一直追求岑潇然的华西大学女学生白燕，突然死在她实习的名医郎济世医寓中；长期暗恋岑潇然的川剧名旦花如玉，则将被清洗出公安队伍的他收进自己的戏班。潜入成都的空投特务陆清发现，妻子已经与他的上司、军统电讯大特务侯君牧假扮夫妻并弄假成真；公安处副处长张敬也在成都重逢
