1950年初，蒋介石不甘心军事上的彻底失败，为颠覆新生的红色政权、阻挠国际社会承认中华人民共和国，密令潜伏在西南重镇山城的“神风”特务组织头目“教父”，暗中联络抗战胜利后滞留下来的日本特务，企图利用日军在抗战时期研制的“大规模杀伤性武器”摧毁山城、残害百姓，并借此给新生的共和国制造灾难。蒋介石亲自将这项行动命名为“幽灵计划”。
人民解放军安全保卫部门在掌握相关情报的同时，收到“神风”组织内部代号为“梅”的特务送来的秘密信件。“梅”和不少国民党人士都是尚存良知的中国人，他们不愿看到曾经侵略中国、屠杀同胞的日本法西斯势力死灰复燃，更无法容忍国民党特务中的右翼分子利用日本制造的武器屠杀中国人，因此决定与我方合作，共同粉碎这场祸国殃民的阴谋。
驻守五号铁路大桥的部队从江中打捞出一个土布包裹，里面竟是一具女尸。尸体的皮肤已经发生异常变色。我国著名医学专家解志远接到消息后立即展开检查，却因此遭到敌特威胁。神秘电话和夹带子弹的恐吓信接踵而至，对方警告他不得泄露女尸的医学秘密，否则不仅要他的性命，还要杀害他的女儿安琪。
安琪是解志远唯一的女儿，才貌出众，也是山城市歌舞团颇有名气的小提琴演奏员。面对敌人的卑劣手段，解志远仍凭借科学家的良知和爱国之心，将真相报告给安全保卫部门：女尸皮肤的异常变化，是当年日本专家研制的“SS3”病毒造成的。虽然这种病毒当时并未成功，但如今“SS3”已经被改造成威力巨大的杀人武器。
山城市委副书记兼保卫部长郑凯南立即把这一重大情况上报北京。中央对此高度重视，随即派出王牌侦察员、代号“鸿雁”的马道城赶赴山城协助破案。与此同时，“教父”又命手下四处散布谣言、张贴反动标语，企图制造恐慌，扰乱社会秩序。马道城设法智擒被群众称为“恶
