《独刺》的故事发生在解放战争后期的重庆。宋怀珍（宋春丽饰）奉党组织之命前往重庆，着手恢复因叛徒出卖而濒临瘫痪的地下组织。为了接近敌人内部，她借助与失散多年的儿子林孝成（孙逊饰）的关系，以及林孝成在敌特机关中的便利展开行动。
宋怀珍思想传统，与行事新潮的准儿媳蔚蓝（唐一菲饰）之间常有摩擦。然而，为了完成任务，尤其是策反牛师长、促成儿子起义的大局，她只能选择忍辱负重。1949年10月1日，中华人民共和国成立，国民党意识到大势已去，决定在撤退前实施摧毁重庆的“冷箭计划”。设法取得这份计划，成为宋怀珍最紧迫的任务。就在此时，林孝成开始怀疑母亲的真实身份，并对她充满敌意，宋怀珍也因此陷入艰难抉择。
