《犬夜叉》讲述了15岁的国中三年级学生日暮戈薇的奇幻经历。一天，她意外通过家中神社的枯井，穿越到了500年前的战国时代。那时战乱不断、妖怪横行，百姓生活在水深火热之中。戈薇在御神木旁遇见了被封印的半妖犬夜叉，也逐渐揭开了一段尘封50年的往事。
当年的犬夜叉一心想变成真正的妖怪，为了得到四魂之玉，他结识了拥有强大灵力的巫女桔梗。相处之中，两人渐生情愫，犬夜叉开始渴望成为人类，而桔梗也计划在净化四魂之玉后，回归平凡生活。然而，觊觎桔梗的盗贼鬼蜘蛛将自己的灵魂与肉体献给妖怪，转生成为邪恶的半妖奈落。奈落从中挑拨离间，使犬夜叉被桔梗封印在御神木上，身受重伤的桔梗则在悲伤与绝望中死去。
转生后的戈薇解开了犬夜叉的封印，却意外将四魂之玉射成碎片。为了寻找散落各处的碎片，戈薇与犬夜叉踏上旅程，并陆续结识了七宝、弥勒和珊瑚等伙伴，共同面对一路上的重重艰险。
