《绝世宝贝》中，继成功研发“绝世好Bra”后，Lena（梁咏琪饰）、Johnny（刘青云饰）和Wayne（古天乐饰）再次接到任务，负责开发一系列以“绝世好B”为卖点的婴儿产品。升任部门主管的Johnny聘请了神经质十足的秘书Sabrina（关之琳饰），而Wayne与Lena早已确认恋爱关系，并开始计划结婚。
然而，Wayne天生害怕婴儿，这让三人的研究工作频频遇到麻烦。为协助项目推进，总公司派来儿童行为专家Boey。凭借独特的能力，Boey逐渐改变了Wayne对婴儿的看法，两人之间也悄然产生了特殊情愫。随着研究不断展开，团队状况百出，产品尚未完成，几个人之间的感情关系却变得愈发复杂。
在期限即将到来之际，众人终于顺利研发出能够解读婴儿语言的“绝世好B”。与此同时，Johnny和Wayne也终于明白了自己真正深爱的人。
