明朝天启年间，左都御史杨涟因触怒魏忠贤被诬陷入狱，魏忠贤随即授意东厂和锦衣卫暗中灭杨家满门。受王冬青所托，徐长卿冒险救出杨涟的孙女杨紫萱，并拼死护送她从应山府逃往龙泉村，投奔同仁医馆的刘谦。刘谦感念恩师杨涟的旧日恩情，将紫萱收为关门弟子，悉心照料并传授她医术。几人齐心经营医馆，生意逐渐有了起色，却因此遭到同行郎中吴南星嫉妒。
与此同时，魏忠贤的党羽得知杨紫萱的下落，接连派出杀手前往医馆，企图将杨家遗孤和杨涟留下的、记录魏忠贤通敌罪证的账本一并除掉。江湖风波再起，韩佩兰、徐长卿等人护送刘谦和紫萱准备转移之际，梅李庄突发瘟疫。面对危急疫情，刘谦不顾个人安危，数次救治军民百姓。最终，在刘谦、诚王和王冬青等人的全力协助下，瘟疫得到控制，刘谦也因此赢得“侠医”之名。与此同时，大太监魏忠贤最终被扳倒，杨涟获崇祯皇帝平反，并追封为“忠烈”。
