《青天衙门》讲述了小县令谭振英的断案传奇。谭振英自幼便拥有卜算前事、预知未来的非凡本领，每当命案发生，总会产生神秘感应，因此立志成为再世“包青天”。康熙因父皇顺治爷失踪而焦头烂额之际，谭振英凭借推算助其避过刺杀，并成功查出隐藏在真相背后的更大凶手，由此赢得康熙的信任。
康熙一直十分敬重自己的奶娘，在她五十大寿当天，却接连发生一系列离奇诡异的怪事：无人击鼓，四处却响起如雷鼓声。受亡魂牵引，谭振英逐步揭开了一桩造成十余人丧命的旧案，而这段尘封的真相竟牵动着康熙的感情。康熙微服出巡时收留了街头卖身的“龙儿”，深受皇太后喜爱，却因此连累龙儿母女遭到追杀。谭振英抽丝剥茧，意外查出康熙留在民间的一段风流往事。
此外，朝中一名武将的儿子为争夺客栈老板娘的美貌女儿，失手将一位王爷的儿子打死。谭振英奉命调查后发现，武将之子竟是王爷与老板娘的私生子，而这一切背后，原来隐藏着老板娘精心策划的复仇计划。驸马爷面对自己的母亲和亲弟弟，却表现得茫然陌生，引起了谭振英的怀疑。经过暗中查证，他逐渐发现了一个惊天阴谋……
