《奈克瑟斯奥特曼剧场版》讲述了发生在“THE ONE”事件之后的故事。
海上自卫队二尉有动贵文（大澄贤也）奉命调查坠落在太平洋上的不明飞行物体，却在行动中遭遇突然出现的蓝色光芒。受发光体影响，他的遗传因子发生变异，最终变成了凶恶的怪兽THE ONE。后来，THE ONE从防卫厅特殊机关BCST（生物工程学研究机关）的监视下逃脱，此后便彻底失去了踪迹。
三个月后，航空自卫队F15J飞行员真木舜一（别所哲也）为了有更多时间陪伴患有先天性疾病的儿子继梦，决定辞去军职。在执行最后一次飞行任务时，他在空中与一道红色发光体相遇。真木奇迹般地生还，并转职成为民航机飞行员，开始了新的生活。然而，他的经历始终受到相关机构的密切关注，尤其是BCST化学担当官水原沙罗。随后，真木被BCST强行带走，在设于废弃工厂内的研究室中接受身体监视。
就在此时，失踪已久的怪兽THE ONE仿佛受到某种力量吸引，再度现身。真木在遭到THE ONE袭击、濒临死亡之际，身体发生了异变，并借助红色光球的力量完成变身。他化身为身高十米、拥有银色钢铁般身躯的巨人，偶尔还能保有自己的意识，与THE ONE展开战斗。然而，由于变身尚未完全，能量迅速耗尽，真木在遭受决定性攻击后恢复成人类形态。沙罗于是将这个继THE ONE之后出现的生命体命名为“THE NEXT”。
在从东京被押送回BCST研究室的途中，真木得知儿子继梦住院的消息，便赶往医院，并再次见到了妻子蓉子。与此同时，人类面临着前所未有的危机。THE ONE吸收了各种生物并融入自身，发生进一步变异，重新出现在新宿街头。它从口中喷出威力惊人的火焰光弹，将街道烧毁殆尽。有动贵文的人格也早已被THE ONE取代，再也无法恢复成人类。
然而，过去的有动贵文曾与水原沙罗订下婚约。为了守护沙罗珍藏的回忆，也为了兑现与儿子继梦的约定、保护深爱的家人，真木再次变身。这一次，他的姿态进一步进化，身高达到四十米，关节处呈现出如鲜血般的红色，双肘还生出了锋利的肘刀。以新宿副都心为舞台，ULTRAMAN与THE ONE的最终决战就此展开。
科幻片
奈克瑟斯奥特曼剧场版
演员： 别所哲也 Kyôko Toyama Kenya Osumi
剧情：正在调查坠落在太平洋上的不明飞行物体的海上自卫队二尉有动贵文（大澄贤也），遇到了突然出现的蓝光，受发光体的影响，导致遗传因子标准的变质，变成了凶恶的怪...更多