《新扎师兄》讲述警校同届毕业生张伟杰（谢霆锋饰）与倪峰（陈冠希饰）毕业后分别在不同部门任职。两人在一次行动中表现出色，随后被调入张铁民（任达华饰）率领的重案组，负责铲除巴闭、巴辣兄弟。张铁民其实是张伟杰的亲生父亲，但杰始终认定父亲当年抛弃了自己和母亲，因此对他怀有深深的怨恨。
另一方面，倪峰发现母亲的男友肥七（林雪饰）被巴闭抓走，便竭力营救，却不料两人见面的过程遭到偷拍。巴闭落网后，利用这张偷拍的光碟威胁倪峰放走自己。此时，倪峰已经与张伟杰的表妹颖芝（钟欣桐饰）结婚。为了保全家庭，他只能对巴闭唯命是从，最终被警方停职。
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