《初音岛》的故事发生在一座四季樱花常开的浪漫小岛上。风见学园的高中生朝仓纯一拥有一种特殊能力，可以看见他人的梦境。最近，他又一次梦到了那个熟悉却想不起名字的女孩。直到转学生芳乃樱来到学校，纯一才惊讶地发现，梦中的女孩正是她。原来，樱是纯一儿时的玩伴，两人年幼时还曾立下一个秘密约定。
与纯一没有血缘关系的妹妹朝仓音梦，一直对哥哥怀有特别的好感。樱的出现让她心中颇不是滋味，而樱直率热情的性格，也让纯一感到十分头疼。樱花漫天盛开的初音岛上，纯一、音梦与樱之间，将逐渐交织出怎样的情感羁绊？
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