《特别的她》的故事发生在近未来的日本疏濑市。这里的市民过着平凡安稳的日子，只有城市一角的山冈上格外引人注目：一家医疗机器制造厂建造了外形酷似熨斗的工厂，每天到了固定时间，厂房便会像刚熨过东西一样喷出大量蒸汽。
小学六年级学生直太，常和高中女生真见美以及自己留学中的哥哥的女友一起在河边消磨时光。原本平静的生活，却在传说中的“蜜蜂女”晴子驾驶电车撞上直太后彻底改变。直太的头上突然长出了一对奇怪的角，而晴子也以佣人的身份进入直太家中。随着晴子的神秘身份，以及她口中反复念叨的“FLCL”逐渐浮现，直太的日常生活被彻底卷入一场剧变之中。
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