《泡泡糖危机 东京2040》将故事设定在灾难频发的东京。公元2034年，一场大地震几乎摧毁了整座城市。为了加快灾后重建，基内姆跨国际企业投入大量人造人，即人们所称的亚人。它们承担了绝大多数繁重、危险且不适合人类完成的工作。
六年之后，东京已从废墟中重新崛起，昔日繁华的大都市再次矗立在世人面前。随着亚人的广泛使用，人们纷纷赞叹它们为城市复兴所作出的贡献。然而，重建工程逐渐完成，大量亚人开始无事可做，人类也因此抱怨它们抢走了就业机会。与此同时，亚人的机械故障日益频繁，加上一些别有用心之人的暗中操纵，城市中的亚人犯罪案件不断增加。
为了应对愈发混乱的局势，东京警察局成立了专门负责监管亚人犯罪的警察部队AD POLICE。可惜，AD POLICE并未能有效控制事态。就在此时，三名身穿装甲服的女性组成了神秘团体，独自处理并消灭亚人犯罪。她们的行动令当局和AD POLICE颜面尽失，因此被官方视为犯罪分子；而在民间，她们则被称为NIGHT SABERS，也就是午夜骑士。
一名来自乡下的女孩怀抱着对NIGHT SABERS的憧憬，来到东京成为某公司的OL。一次偶然的机会，她结识了其中一名成员，并主动提出加入这个团体。自此，战士飞刀成为四位女性的座右铭。尽管NIGHT SABERS的行为在大众眼中如同英雄之举，但这个团体的核心成员似乎另有目的。
本作是1987年OVA《泡泡糖危机》的姐妹作品，既延续了原作的部分设定，又呈现出不同的故事与风格。
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