《数码宝贝3：驯兽师之王》讲述了五年级男生松田启人（津村真琴配音）的冒险故事。热爱幻想的他偶然捡到一张神奇卡片，并因此进入了生活着数码兽的数码世界。在那里，启人遇见了基尔兽。那时的他还没有意识到，这只数码兽将成为自己一生中最重要的伙伴与朋友。
为了守护数码世界和数码兽，四圣兽之一的朱雀兽不断将帝魔送往人类世界，引发了一连串危险与混乱。启人与好友牧野留姬（折笠富美子配音）、李健良（山口真弓配音）携手投入战斗，共同守护来之不易的和平。然而，朱雀兽还带走了掌握数码兽进化关键的古乐兽。为了追寻古乐兽的下落，启人一行人踏入数码世界，开启了一场充满未知与挑战的大冒险。
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