太一一行人告别数码世界后，通往人类世界的大门并未真正关闭。然而，数码世界的平静并没有持续太久，新的纷争再次爆发。为了守护数码世界与人类世界的和平，一批新的“被选中的孩子”应运而生。此时，太一、阿和、素娜等人已经陆续升入初中，难以再抽出足够的时间与数码宝贝并肩作战，阿武和小光便成为新一代的核心领袖。本宫大辅（木内玲子配音）、井之上京（夏树莉绪配音）、火田伊织（夏树惠配音）等新伙伴加入战斗，他们不仅与亚古兽、加布兽等熟悉的数码宝贝并肩作战，也迎来了全新的数码宝贝伙伴。在第一代数码伙伴的引领下，新一代被选中的孩子和守护者们踏上征程，开始与邪恶势力展开战斗。
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