《命运之夜》中，十年前，一场几乎毁灭世界的大灾难席卷而来，卫宫士郎被魔术师卫宫切嗣救下，并成为他的养子。为了履行对已故养父“成为正义的伙伴”的约定，十年间，士郎始终坚持进行魔术训练。
某天，他意外卷入了魔术师之间的对决——“圣杯战争”。在这场战争中，七位魔术师分别与七位“英灵”缔结契约，彼此厮杀，而最终的胜者将获得能够实现任何愿望的圣杯。士郎很清楚，十年前那场造成巨大灾难的事件正是由圣杯战争引发。为了阻止悲剧重演，他与自己的“英灵”Sabar一同投身这场充满危险与艰辛的战斗。
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