《枪神》改编自内藤泰弘创作的漫画《TRIGUN（トライガン）》。故事从梅丽鲁和米丽展开，她们是自称来自贝露那堤保险协会的两名少女，此行正是为了追查“世纪大飓风”的踪迹。没想到，她们遇见了一个身穿红衣、留着金色头发、耳边戴着耳环的男人——法修·史坦毕特。无论如何，她们都无法将眼前这个整天把“LOVE＆PEACE”挂在嘴边、嗜甜甜圈如命的温柔男人，与传闻中曾在一夜之间摧毁整座城市、同时也是最危险通缉犯的“法修”联系起来。
在接下来的旅途中，三人彼此照顾，一同帮助并保护了许多陷入困境的人，也携手经历了一次又一次险境，逐渐成为了亲密的朋友。然而，随着GUNG-HO-GUNS的出现，原本平静的一切彻底改变，甚至连法修也被迫开了杀戒。这个以灭绝人类为目标的超级杀手集团GUNG-HO-GUNS，究竟与法修有着怎样的关系？他们又将迎来什么样的挑战？
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