《怪盗MOUSE》的故事发生在东京都世田谷区山上的山之上学园。这是一所从小学一直贯通至大学、拥有3万名学生的超大型学校。無音宙太是大学美术院系的学生，同时也在学园高等部担任美术外聘讲师。平日里性格老实的他深受学生欢迎，然而，没有人知道，这位看似普通的教师，正是轰动社会的神秘大盗“鼠”。
“鼠”的每次行动都规模宏大、手法华丽。在雄厚资金与尖端技术的支持下，他与メイ、弥生、葉月三位美女搭档，只要是想得到的目标，就一定会设法收入囊中。他们不仅能从森严的防守下夺走世界第一的宝石，还曾盗取美术馆中的古代遗物，甚至挑战整座高空大楼。凭借出神入化的技巧，“鼠”屡屡将警方玩弄于股掌之间。
然而，站在他对立面的，是庞大的犯罪结社“圣保护秘密教会”，通称“4 S”。面对这个强大的天敌，無音宙太依旧坚信，在“鼠”的字典里，从来没有“不可能”三个字。
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