出云战记讲述了少年八岐猛的异界冒险。猛性格单纯直率，生活一直过得规律而重复：每天早晨，他都会被青梅竹马白鸟姐妹中的明日香用飞身飞脚叫醒，随后吃光姐姐琴乃准备的早餐，再出门与从小一起长大的大斗刚打过招呼，匆匆赶往学校。学生会长北河麻衣、塔马六介和逢须芹等人，也与他的校园生活有所交集。
一场突如其来的地震彻底改变了一切。学校在震动中化为废墟，恐怖的异形怪物随之出现，校舍里还涌出一群身着日本古代服饰的神秘人物。为了让现代社会恢复原貌，猛被迫投身于残酷的战斗，并逐渐踏入连接黄泉之国、苇原之国与根之国的异界。途中，他遇到了岳土、佐久夜、御名方以及根之国的巫师卑弥呼，也不得不面对轲遇突智、天照大神和须佐之男等存在。
随着结界消失，禾里发动袭击，局势愈发混乱。猛一行人前往蓬莱山，迎战四圣兽，又在对决的城寨中面对甘土玉与反魂术。经历一段短暂的无忧时光后，猛回到现实世界，却发现自己必须守护重要之物。他踏上黄泉路，试图拯救琴乃的灵魂，并借助回魂之术继续战斗。随后，他来到黄泉比良坂，在冥河河滩遭遇牛头、马面。雾之谷中，围绕保护之玉的争夺展开了两方对决。
最终，故事走向两个灵魂之间的最后对决。
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