《未来都市NO.6》的故事发生在2013年的都市NO.6。这里没有犯罪、疾病、战争，也没有人们口中的痛苦与怨恨，仿佛是一座完美无缺的理想国。12岁的天才少年紫苑（梶裕贵 配音）一直生活在高级住宅区，并与母亲相依为命。直到一个暴风雨之夜，他遇见了满身伤痕、充满戾气的少年老鼠（细谷佳正 配音），平静的生活也由此被彻底打破。
出于好奇与好感，紫苑不仅没有惧怕老鼠，还冒险救下了他。然而，这一举动让紫苑被认定为窝藏嫌疑犯，不但失去了原本享有的一切特权，还被贬为公园管理员。经历这场变故后，他开始怀疑自己所相信的理想世界。与此同时，城市中接连发生诡异的死亡事件，而这些事件似乎都与NO.6存在着无法割舍的联系。
就在紫苑逐渐陷入困惑，并一步步逼近危险之际，失踪四年的老鼠再次出现，将他从生死边缘救出，并带往NO.6外圈的贫民区。在那里，紫苑逐渐揭开这座城市隐藏的真相，只是等待着他们的危险，远未结束。
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