《精灵宝可梦：超梦的逆袭》讲述了被人类利用基因技术克隆出来的最强宠物小精灵超梦（市村正亲 配音）的故事。因无法确认自己的身份，又对创造自己的科学家和人类力量充满愤怒，超梦逃离科研所，并立誓向人类展开复仇。
此时，已经获得八枚勋章、立志成为宠物小精灵训练大师的小智（松本梨香 配音），带着皮卡丘（大谷育江 配音）以及同伴小霞（饭冢雅弓 配音）、小刚（上田佑司 配音）结束了一场训练家对战。随后，他们收到一封来自神秘人物的邀请函，被邀请前往新岛的宠物小精灵城，参加号称由世界最强宠物小精灵训练家举办的宴会。
小智一行人欣然赴约，在狂风暴雨中穿越海岸，终于抵达新岛。医生乔伊带领他们进入宠物小精灵城，并为众人介绍那位传说中的最强训练家。然而，出现在他们面前的竟然是超梦。怀着复仇之心的超梦究竟准备做什么？一场激烈的大战即将展开。
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