《犬夜叉：红莲之蓬莱岛》将故事带到了传说中的蓬莱岛。相传，蓬莱岛是古代的神之岛，秦始皇曾派徐福带领三千童男童女前往此地，寻找长生不老之方。岛上居住着人类、妖怪与半妖，彼此和谐相处，过着自由自在的生活。为了保护半妖免受伤害，巫女奏施展法术将蓬莱岛隐藏起来，使它每隔五十年才会在浓雾中现身一次。
然而，邪恶的四斗神趁岛上结界变得薄弱之际潜入蓬莱，污染了鸣动之窑，并对岛民展开残酷的统治与屠杀。早在戈薇抵达战国时代的五十年前，犬夜叉就曾与桔梗一同乘船来到蓬莱岛，却在岛上遭遇四斗神。那场战斗中，犬夜叉的力量被四斗神封印。
五十年后，蓬莱岛再次出现。半妖阿蓝趁机逃离魔掌，却遭到四斗神一路追杀，最终被犬夜叉一行人救下。为了拯救仍被困在岛上的居民，犬夜叉、戈薇等人决定再次踏入蓬莱岛。与此同时，阿蓝的姐姐浅葱为了保全兄弟姐妹们的性命，决意跳入鸣动之窑。
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