自风都塔建成以来的30年间，风都一直维持着难得的和平。然而，这个夏天，平静的城市突然遭到一群本应已经死去的Dopont袭击，它们在街头肆意破坏。左翔太郎（桐山漣 饰）与飞利浦（菅田将暉 饰）合体变身为假面骑士W，风都警署警官照井龙（木ノ本嶺浩 饰）也化身假面骑士阿克塞尔，与来犯的Dopont展开激战。
在国际特务调查机关成员玛丽亚·S·克兰贝蒂（杉本彩 饰）的协助下，正义一方暂时击退了入侵者，却意外发现这些Dopont原本都是佩戴盖亚记忆体的普通市民。根据玛丽亚透露的情报，国际重犯大道克己（松岡充 饰）率领邪恶组织“Never”，夺取了编号从A到Z的26个盖亚记忆体，并企图控制整座风都。一场决定城市命运的正邪大战即将拉开帷幕。
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