《希德尼娅的骑士》讲述了人类与神秘生物奇居子之间的宇宙战争。很久以前，奇居子入侵太阳系，迫使人类乘坐行星般巨大的移民飞船希德尼娅，在宇宙中不断漂泊。千年时光过去，希德尼娅的居民已经有一百年没有遭遇奇居子，但为了防患于未然，他们始终培养着操纵人形兵器卫人的驾驶员。
生活在地下的青年谷风长道（逢坂良太 配音）因饥饿爬上地面偷米，意外被人抓获。在舰长（大原沙耶香 配音）的授意下，他成为卫人驾驶员第628期训练生，并在那里遇见了曾有一面之缘的善良女孩星白闲（洲崎绫 配音）、性格友善的第三性人科户濑伊扎那（丰崎爱生 配音），以及高傲固执的岐神海苔夫（樱井孝宏 配音）。然而，训练尚未结束，少年们便在外出执行采集任务时遭遇了阔别百年的奇居子。随着敌人的再度出现，沉寂已久的宇宙战争重新拉开序幕。本片改编自贰瓶勉的同名漫画。
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