2195年，被称为“木星蜥蜴”的神秘敌人首次袭击地球。面对这支拥有压倒性战力的部队，地球军几乎毫无还手之力，火星及其殖民地也随之落入敌手，这场灾难后来被称为“第一次火星会战”。
一年后，为了夺回火星，民间组织尼鲁加路重工运用最新科技建造了新型战舰NADESICO号，并召集了一批各有所长的船员。年轻的女舰长御统由利加担任核心人物，她的青梅竹马天河名人则兼任厨师与机师。舰上其他成员虽然能力出众，却或多或少存在性格古怪、来历成谜等问题。
随着战事不断升级，一个惊人的真相逐渐浮出水面：所谓的木星蜥蜴，其实是100年前被放逐到木星的地球人的后代。他们的目标，是夺取火星遗迹中能够实现行星间瞬间移动的技术——玻色子跳跃。
然而，地球与木连之间的和谈最终破裂。为了争夺火星遗迹，NADESICO、木连以及尼鲁加路三方展开了混战。那是地球与木连对抗历史中的一段重要篇章。此后，地球与木连结成同盟，宇宙终于重新恢复和平，这便是TV版的故事。
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