《橘色奇迹2016》讲述了普通高中二年级女生菜穗（花泽香菜配音）的故事。她原本过着平静而单调的校园生活，却在某天收到一封神秘来信，寄信人竟是十年后的自己。信中的菜穗写道，未来的人生留下了无法挽回的巨大遗憾，因此她希望借助这封跨越时空的信件弥补过错。起初，菜穗只把它当成恶作剧，然而第二天，信中提到的男生成濑翔（山下诚一郎配音）真的转学来到了她的班级。信里还预言，菜穗会喜欢上翔，而翔将在17岁那年的冬天不幸离世。面对这场注定发生的悲剧，菜穗必须寻找改变未来、挽救翔的方法。
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